Championnat d'Allemagne de football de troisième division 1999-2000

La Regionalliga 1999-2000 est la 6e édition de la Regionalliga en qualité de troisième division allemande de football, et la dernière sous son format à 4 groupes. En effet, à partir de la saison 2000-2001, les Regionalligen Nord, Nord-Est, Ouest/Sud-Ouest, et Sud sont regroupées en deux groupes: le groupe Nord, et le groupe Sud. Cette réforme a été lancée par le président de la DFB, Egidius Braun, en raison des difficultés financières de nombreuses équipes de Regionalliga. Ainsi la moitié des clubs présents lors de cette saison sont relégués dans les Oberligen. Il a également été décidé de réaliser un audit dans le cadre du processus d'octroi de licence afin de garantir que toutes les équipes aient les garanties financières pour concourir.

Le championnat oppose soixante-quatorze clubs allemands répartis en trois groupes de dix-huit équipes (Regionalligen Nord, Nord-Est, et Sud) et un groupe de vingt équipes (Regionalliga Ouest/Sud-Ouest).